Universiteti i Gjirokastrës është përfshirë si institucion partner në disa programe bashkëpunimi në kuadrin e Projekteve Evropiane JEP TEMPUS PHARE, nga përfundimi me sukses i të cilave kanë përfituar të gjitha strukturat e Universitetit të Gjirokastrës, në përmbajtje dhe në formë. 

Kështu, Universiteti ka marrë pjesë në një projekt TEMPUS Jep-09369-95 për rikonstuktimin e departamentit të Matematikës në bashkëpunim me Universitetin e Janinës, Universitetin e Tiranës dhe Universitetin e Trentos. 

Po ashtu është përfshirë në një projekt JEP me tre Universitete shqiptare duke patur si koordinator Hogesschool Gederland Nijmengen (Hollandë). Ky projekt ka përfshirë rikonstruktimin e Fakultetit të Shkencave të Edukimit. 

Projekti Jep Nr. 12144-1998 – me koordinator IUFM Montpellier (Francë) përfshiu përfaqsues nga të gjitha departamentet e fakulteteve tona, duke dhënë në këtë mënyrë një ndihmesë në përsosjen e përgatitjes së mësuesve pranë institucionit tonë. 

Projekti Tempus JEP Nr.14356-1999 në fushën e zhvillimit të Kurrikulave në Administrimin Publik e trainimin e stafit me koordinator Universitetin e Staffordshire, Stoke-on-Trent (Britani e Madhe) çoi në hapjen e Degës së re, atë të Administrimit Publik pranë Departamentit të Ekonomikut. 

Projekti JEP Nr. 14174-1999 me koordinator Universitetin e Jonit, Korfuz (Greqi) mbështeti rikonstruktimin e bibliotekave të Universiteteve partnere. 

Po në kuadër të Programit Tempus, Universiteti i Gjirokastrës së bashku me Universitetin e Vlorës dhe atë të Prishtinës bashkëpunuan në projektin 2-vjeçar UM-JEP 16077-2001, me titull, "Zhvillimi i Menaxhimit Universitar". Në kuadër të këtij projekti, në bazë të aktiviteteve të programuara për çdo vit janë kryer trainime të stafit administrativ universitar në fushën e administrimit financiar, regjistrimit të studentëve si dhe janë blerë pajisje dhe software bashkëkohore që mundësojnë funksionimin me efektivitet të sektorëve që kanë lidhje me administrimin universitar. 

Përveç projekteve të përbashkëta, edhe bursat individuale Tempus që janë fituar nga pedagogë si dhe ato të mundësuara nga Interreg II kanë ndikuar ndjeshëm në rritjen e kualifikimit dhe eksperiencës së tyre, në njohjen dhe sigurimin e një literature bashkëkohore të nevojshme për aktivitetin e tyre pedagogjiko-shkencor, si dhe në krijimin e kontakteve institucionale për mundësi bashkëpunimi me Universitete të tjera. 

Në 2005 Organizata Jo-qeveritare HUMANET implementoi në kuadër të projekteve të Qeverisë së Jashtme Greke vendosjen e rrjetit kompiuterik në të gjithë Universitetin duke bërë që ky rrjet të jetë nga më modernët në Universitetet shqiptare. Gjithashtu çelja e Multimedia Room i shërben më së miri aktiviteteve mësimore të Universitetit por dhe zhvillimit në të ardhmen të Mësimit në Distancë. 

Gjithashtu për t’u përmendur janë dhe bashkëpunimet me organizata e fondacione ndërkombëtare të cilat mbështesin zhvillimin dhe modernizimin e standarteve cilësore të Arsimit të Lartë ku ndër to mund të veçojmë:

Fondacioni SOROS i Shoqërisë së Hapur për Shqipërinë, Tiranë: Projekt i shtrirë në tre faza i nënshkruar në Korrik 2003 që synon në hapjen dhe funksionimin e Qendrës për Informim dhe Këshillim të studentëve të Universitetit të Gjirokastrës.